在治理云南的时候，孙可望充发展示了他的才华。
第一，孙可望严格遵守他的誓言，以明朝为尊，在云南建立了统一战线，团结了一切可以团结的力量。对明朝的官员做了合理的安置，沐天波也恢复了爵位，名义上继续领导土司。
第二，整顿吏治，推行“三民主义”，允许老百姓上访！明朝的不堪一击，实际上主要是由于官僚太腐败，形成了一股反老百姓的强大势力。孙可望派王应龙任巡按（相当于纪委书记），惩治贪官，为老百姓伸冤。老百姓获得了新生，热烈拥护孙可望的领导。
第三，对于顽固派土司，坚决进行军事打击。比如沙定洲、录万亿等人。可惜在平定顽固派的过程中，艾能奇阴沟里翻了船，不幸中了埋伏，被毒箭射死。虽然不幸损失了一位猛将，孙可望还是顺利扩大了地盘。
第四，招募新兵，搞好军事训练，做好抗清准备。此外，孙可望还根据云南的地形特点和云南靠泰国缅甸盛产大象的优势，组建了“山地师”和“大象军团”。
杨畏知这个人正好不是那么迂腐，估计和他出生在西北那个经常吃不饱饭的地方有关。相对于江南那群爱扯淡却不爱和农民军联合的书呆子不同，出生西北的杨畏知同志深深明白，西北老百姓造反也是有苦衷的。所以他相信了孙可望的话，既然对方主动提出合作，自己的小命又捏在对方手上，那不如顺水推舟顺势而为。
合作没有问题，但是该讲的原则还是要讲的，相比当年第一次国共合作共党一味退让不同，杨畏知同志非常明确，既然是合作，就要约法三章：不用献忠年号，仍尊明朝；不杀百姓；不掳妇女。
孙可望一听，完全没问题，第一条是张献忠的遗言，第二三条早就开始实施了。
成交！
搞定合约框架以后，孙可望写信给沐天波。表示十分愿意和沐天波合作，并希望沐天波能够回到沐王府。沐天波自然不会不接受孙可望的好意，派自己的儿子沐忠罕去与孙可望接洽。
由于实力悬殊，孙可望一路势如破竹，在孙可望面前，沙定洲也就是个小学生水平。
孙可望轻松达到昆明，面对昆明的防守，孙可望决定围城打援，把沙定洲调过来增援的部队一口口吃掉。
打不过，逃！沙定洲很快逃回老巢。善于动脑子的孙可望就这样轻松占领了昆明。
等到孙可望赶跑了沙定洲之后，曾经跟大西军打过仗云南官僚们才发觉不太对劲，这哪里是什么焦氏家族武装，这分明就是以前的大西军。
赶走了一只狼，引入了一头狮子，结果狮子也被赶走了，却进入了一群更不想面对的家伙。孙可望管不了这么多，云南这个地方真好，我要了！
綦江整顿对大西军具有重要的意义，改变了大西军的土匪属性。
豪格发挥宜将剩勇追穷寇的精神，?大西军不得不继续退往遵义，果然一路秋毫无犯的大西军受到了老百姓的热烈欢迎。
由于四川经过多年战乱，且路很不好走，清军的补给受到了严重的影响，不得不停止军事行动。
于是大西军就顺利摆脱了清军的威胁，在遵义，大西军召开了遵义会议。这次会议的意义十分重大，总前委四将审时度势，对大西军的斗争历程进行了认真的反思和总结，进一步确立了民主（四将共同统率大西军）、民族（与清军之仇不共戴天，与不敌视大西军的明军合作）、民生（严格管理军队，将士不得扰民）的“三民主义”路线。
基本路线确定以后，孙可望等四将率领部队征服贵州全境，收编贵州明军，整顿贵州吏治。
这里说点题外话，关于“秦王”这个封号的问题，对于这个封号，老江湖孙可望倒也不是心血来潮，他也有他的小算盘。
前面说过孙可望是很有才干的，同时也是很有野心的。作为大西军的领袖，由于总前委的存在，孙可望虽然是书记，但是书记毕竟不同于老板，权力也只比李定国和刘文秀大一丢丢。对于孙可望来讲，这个是不够的。他要当老板，政令统一。
这个时候艾能奇已经死了，剩下的两个人李定国、刘文秀都不是省油的灯，当年大家都是平起平坐，现在大家都有自己的亲兵，凭啥你就想当老大？
客观上说，孙可望的这个要求也是合理的，治理云南，孙可望展现出比刘文秀和李定国高得多的政务才能。统一政令，在那个情况之下，是比较有必要的。
当然如果你一定要说这是独裁，不好，那我也无话可说。但我认为这种特殊情况必须军政统一，如果谁都不服谁，那就玩不下去了。
正是在孙可望的领导下，汉族保留了对抗满清的根据地。
孙可望出色地搞定云南之后，既然归顺大明，那总该讨个封赏吧，至少孙可望认为他的功劳很大。
杨畏知顶多代表地方势力，他是代表不了朝廷的。当时的永历帝王朝正好遇到了李成栋等人的易帜，一时间声势也不小。
虽然永历帝能力不行，到处逃亡，但是名义上是老大。
放眼天下大势，清军连战连胜，正是顺风顺水的时候，独立对抗，这个仗恐怕不好打，南明政权毕竟还有一定的地盘和实力，关键是在政治上的号召力。
第52章世外桃源
孙可望这个时候来，不是偶然的。孙可望，陕西米脂人，和李自成是老乡，世代贫民。作为张献忠的四大义子之首，而且据说长得非常短小彪悍（反正就是不好看），孙可望靠的绝不是投机倒把。要知道，在农民军里头，像孙可望这种没啥背景又不帅的人，要爬到一人之下，万人之上，没两把刷子，那是不可能的。
野路子出生的孙可望，虽然称不上军事天才，但绝对能称得上猛人，他作战勇敢，经常一马当先，而且很善于动脑子，时不时给人挖个坑，以少胜多，遇到危难的情况，思维清晰，沉着冷静，被军中呼为“一堵墙”，防御能力十分出色。
而且孙可望同学爱好学习，经常看书，虽然没有学历，但是具有同等学力。而且由于孙可望同学不是科班出生，没有条条框框，能真正做到活学活用，所以孙可望同学是张献忠队伍里为数不多的文武全才。
张献忠被豪格干掉之后，张献忠余部推举了孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀成立了前敌委员会，孙可望任书记，统一指挥大西军的余部。
第五，注重农业生产，在实际情况下进行土改，“地主减租减息，农民交租交息”。提倡节约，减免苛捐杂税，孙可望实现了全国最低的农业税10%（要知道，崇祯年前的农业税超过了50%，新中国成立初期我国的农业税税率也在15%以上）。可以说，孙可望这个政策极大争取了民心。为了使得财政能正常运行，孙可望决定开拓其他方式解决财政问题，比如通过搞地方国有企业赚取利润的方式（比如垄断卖盐的生意，要知道，盐铁是封建时代最暴利的行业；再比如搞采矿生意）。
第六，统一货币（由于云南那个地方，比较落后，导致很多地方还采用贝壳做货币，鉴于云南铜矿产量丰富，孙可望决定统一使用铜币），保护民间贸易。
第七，采取因地制宜的方针，具体问题具体对待，采取民族大团结的政策，尊重少数民族的习惯和宗教信仰。
第八，开科取士，稳定人心，争取士绅的支持。
在孙可望的治理下，云南成了世外桃源。相比全国各地，云南是名副其实的太平盛世。孙可望居功至伟。
孙可望派遣刘文秀去永昌迎接沐天波回到国公府。第二年，孙可望完全平定了沙定洲，沙定洲杀，沐天波穿戴整齐，来感谢孙可望为他报了家仇。
混乱多年的云南，终于尘埃落定。
对于云南这种级别的叛乱，实在体现不出太多孙可望的水平。
真正体现孙可望水平的是孙可望对云南的治理。
之前有说过，孙可望文武双全，而且在大西军中，懂文化的孙可望获得了参与日常管理的资格，积累了丰富的经验。
于是孙可望再接再厉，派李定国、刘文秀陆续平定了云南的各地，并亲自西征，俘虏了云南副使杨畏知。
杨畏知是山西宝鸡人，和孙可望是老乡，老乡见老乡两眼泪汪汪。孙可望决定和杨畏知好好谈谈。
谁也没想到，这次的谈话竟然真的谈出了点东西，所以载入了史册。
谈话的意义很重大，不过内容很简单。
孙可望表示，我们大西军现在已经决定归顺朝廷了，愿意联明抗清，希望他能合作，为了证明自己说的是真的，孙可望还折断了一支箭发了毒誓。什么如有违背，五雷轰顶之类的。
就在大西军准备立足贵州谋求发展的时候，云南的一位土司首领，早年和张献忠关系比较好，与四将也有交情，他给孙可望送来了一封急信，信里面介绍了云南的情况，沙定洲叛乱导致云南陷入内乱，希望孙可望能入滇平叛，共扶明朝。
孙可望敏锐地感觉到，云南是一个更加适合建立根据地的地方：地域广阔，位置偏远。
前面说了，孙可望打仗很善于动脑子，时不时给人挖个坑，因此，面对云南的叛乱，孙可望决定智取沙定洲。
首先孙可望令大军换上明军旗号，打出沐天波小舅子的旗号，为沐王府报仇，大军一路开往云南，自然沿途的明军多一事不如少一事，纷纷让出道路。
并且云南人信以为真，孙可望被当成沐天波的小舅子受到了热烈的欢迎。
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所以孙可望决定派人去找永历帝要名分，在与沐天波等人商议之后，派杨畏知为代表，远赴广东肇庆商讨携手抗清事宜，并请封秦王。
到了这个地步，永历帝只要一纸空文就能换一个繁华的的云南省。按理说这个交易不做就是个傻子。
但是，在当时那个世界，我们不能用正常思维来考虑问题。
当时永历帝正处于春风得意的时候，一下子地盘大了很多，难免比较骄傲。对大西军主动前来要求投效，这是没有反对意见的。
但是，对于孙可望请封秦王，大部分人十分反对，认为“流寇”首领的孙可望狂悖无礼，异想天开，最多只能授予公爵。
虽然张献忠临死的时候，让大西军联明抗清，不过由于大西军长期和明军处于敌对状态，而且现在和清军形成了两面夹击之势，要谈合作谈何容易。
因此孙可望现在首先要解决的是保存火种，再谈合作，当务之急是要突破包围圈。
由于豪格太猛，孙可望果断决定，捡软柿子捏——向南撤往贵州。
孙可望发挥勇猛作战的精神，率部冲破南明军防线，渡过长江天险，顺利达到綦江。
到达綦江之后，孙可望进行了綦江整顿，会上总结了大西军以往过于残暴的事实，孙可望认为以后必须走一条依靠人民、发动人民的亲民路线，并发出“自今非决斗，不得杀人”的告示。